晋江市疾病预防控制中心是2005年4月经晋江市人民政府批准设立的公益性的事业单位，前身为晋江市卫生防疫站，位于晋江市青阳街道洪宅垵社区120号。
  主要承担传染病、寄生虫病和地方病、慢性非传染性疾病等的预防与控制；突发公共卫生事件应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；职业危害因素控制、食源性疾病预防与控制及公共营养；实验室检测与评价；健康教育与健康促进；技术指导与应用研究等。
  中心人员编制92人，设有3个职能科室和10个业务科室，现有人员104人；其中在编员工84人，大专以上学历78人，占92.9%；各类专业技术人员77人，其中高级职称8人，占10.4%；中级职称25人，占32.5%。  
  中心占地面积11483平方米，建有卫生检测大楼和实验综合大楼各一幢，总建筑面积20041.6平方米，其中实验室面积7500平方米。拥有高效液相色谱仪、气质联用仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、原子荧光分光光度计、实时荧光定量PCR仪、全自动微生物鉴定系统、酶标仪、全自动生化分析仪、全自动血液分析仪、流式细胞仪、全自动蛋白印迹仪、荧光显微镜、P2实验室、100级洁净实验室、PCR实验室、培养箱、干燥箱、马弗炉等重要仪器设备。现已掌握13类395项检测技术，基本达到卫计委、国家发改委规定的县级疾控机构检测能力要求。于1998年通过实验室资质认证（计量认证），2012年通过食品检验机构资质认定；具备HIV抗体初筛实验室、HIV抗体确证实验室、国家盐碘实验室等资格。
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