中国科学院上海药物研究所前身是国立北平研究院药物研究所，创建于1932年，次年迁至上海，2003年搬迁至浦东张江高科技园区，是中国历史最悠久的综合性创新药物研究机构。

上海药物所瞄准国际生命科学发展的开展创新药物基础和应用基础研究，发展药物研究新理论、新方法和新技术。围绕治疗恶性肿瘤、心脑血管系统疾病、神经精神系统疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病及感染性疾病等开展新药研发，加强现代中药的研发。

截至2014年底，上海药物所共有在职职工778人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人；有4个国家级研究中心，6个研究室，11个技术平台研究中心；有一级学科博士研究生培养点1个，一级学科硕士研究生培养点1个，博士后流动站2个。